目前常用的消毒方法包括有以下幾種：①氯消毒 (主要包括液氯消毒、二氧化氯消毒和次氯酸鈉消毒)；②紫外線消毒；③臭氧消毒。

①氯消毒

氯消毒工藝技術成熟，目前是污水消毒的主要技術，其中液氯消毒多用在大型的污水處理廠，而二氧化氯和次氯酸鈉消毒多用在中小型的污水處理廠或醫院污水的消毒。氯化消毒的缺點是有可能形成致癌物。

a、液氯消毒

氯消毒作用，利用的不是氯氣本身，而是氯與水發生反應生成的次氯酸。次氯酸分子量很小，是不電的中性分子，可以擴散到帶負電荷的細菌細胞表面，并滲入胞內，利用氯原子的氧化作用破壞細胞的酶系統，使其生理活動停止，最后導致死亡。

b、二氧化氯對細菌的細胞壁有較強的吸附和穿透能力，可快速控制微生物蛋白質的合成，對細菌、病毒等有很強的滅活能力。二氧化氯不穩定，因而必須在現場制造。二氧化氯的制造成本較高，國內目前只是在一些小型的污水處理工程中采用了二氧化氯消毒工藝。

c、次氯酸鈉在我國已較為廣泛地用于醫院污水的消毒。次氯酸鈉的消毒機理與液氯完全一致，在溶液中生成次氯酸離子，通過水解反應生成次氯酸，具有與其他氯的衍生物相同的氧化和消毒作用，但其效果不如氯氣。

②紫外線消毒

汞燈發出的紫外光，能穿透細胞壁與細胞質發生反應而達到消毒的目的。因為紫外光需要透過水層才能起消毒作用，故污水中的懸浮物、濁度和有機物都會干擾紫外光的傳播，因此處理水的光傳播系數越高紫外線消毒的效果越好。

③臭氧消毒

臭氧有很強的殺菌能力，遠超過氯，且不需要太長的接觸時間，除能有效殺滅細菌以外，對各種病毒和芽抱也有很大的殺傷效果。制約臭氧消毒普及應用的是其設備投資及電耗較高。因此臭氧消毒多適用于出水水質較好，排入水體衛生條件要求較高的場合。