消毒方法包括氯消毒、氯胺消毒、二氧化氯消毒、臭氧消毒、紫外線消毒，也可采用上述方法的組合。此外還有電場消毒、固相接觸消毒、超聲波消毒、光催化氧化消毒等新型消毒方法。

常用的消毒方式及優缺點如下：

液氯優點：1、具有持續得到消毒作用；

2、價值成本較低；

3、操作簡單，投量準確；

4、不需要龐大的設備；

液氯缺點：1、原水有機物高時會產生有機氯化物；

2、原水中含酚時產生氯酚味；

3、氯氣有毒需設置泄氯中和裝置，管理較復雜。

漂白粉優點：1、具有持續的消毒作用；

2、投加設備簡單；

3、價格低廉；

4、漂粉精含有氯達60%~70%，使用方便；

漂粉精缺點：1、同液氯，將產生有機氯化物和氯酚味；

2、易受光、熱、潮氣作用而分解失效，須注意貯存；

3、漂白粉的溶解及調制不便；

4、漂白粉含氯量只有 20%~30%，用量大，設備容積大。

次氯酸鈉優點：1、具有持續的消毒作用；

2、操作簡單，比投加液氯安全、方便。

次氯酸鈉缺點：1、使用成本較液氯高，但比漂白粉低；

2、易揮發分解，不宜久貯，若無成品貨源需現場制備；

氯胺優點：1、能減低三鹵甲烷和氯酚的產生；

2、能延長管網中剩余氯的持續時間，抑制細菌生成；

3、減輕液氯消毒時所產生的氯酚味或減低氯味。

氯胺缺點：1、消毒作用比液氯慢，需較長接觸時間；

2、氯氣有毒需設置泄氯中和裝置，氨氣對消防及環境要求高，管理較復雜。

二氧化氯優點：1、不會生成有機氯化物；

2、殺菌效果較自由氯好；

3、具有強烈的氧化作用，可除臭、去色、氧化錳、鐵等物質；

4、投加量少，接觸時間短，余氯保持時間長；

二氧化氯缺點：1、成本較高；

2、一般需現場隨時制取使用，制取設備較復雜；

3、需控制氯酸鹽和亞氯酸鹽等副產物；

4、貯存及制備場所對消防及環境要求高，管理較復雜。

臭氧優點：1、具有強氧化能力、為最活躍的氧化劑之一，對微生物、病毒、芽孢等均具有殺傷力。消毒效果好，接觸時間短；

2、能除臭、去色，及去除鐵、錳等物質；

3、能除酚、無氯酚味；

4、不會生成有機氯化物。

臭氧缺點：1、基建投資大、經常電耗高，制水成本高；

2、臭氧在水中不穩定，易揮發，無持續消毒作用；

3、設備復雜，管理麻煩。

紫外線優點1、殺菌效率高，需要的接觸時間短；

2、不改變水的物理、化學性質，不會生成有機氯化物和氨酚味；

3、已具有成套設備，操作方便。

紫外線缺點：1、沒有持續的消毒作用，易受重復污染；

2、電耗較高，燈管壽命有待提高。