初次沉淀池的運行管理應注意以下方面:
①操作人員根據池組設置、進水量的變化，應調節各池進水量，使各池均勻配水；通過調節配水井上各池進水閘閥的開啟度，使并聯運行的數個沉淀池水量均勻，負荷相等，停留時間一致，從而提高沉淀效率。
②初次沉淀池應及時排泥，并宜間歇進行；機械排泥可連續排放，也可間歇排放。為保證排放污泥的含水率小于 97% ，采用間歌排泥效果較好。排泥時，應注意用污泥濃度計或界面計等儀器測試，從而控制排放污泥的濃度。此外，還應根據進水水溫、水質的變化調整排泥間歇時間，夏季適當縮短。
③操作人員應經常檢查初次沉淀池浮渣斗和排渣管道的排渣情況，并及時清除浮渣。清撈出的浮查應妥善處理；浮渣是污水中較輕的漂浮物，刮至排渣斗中，如沖洗水不足，可能造成排渣斗或管道的堵塞。此時，操作人員應及時疏通排渣管或用人工清撈浮渣，避免池面漂浮大量的浮渣。否則既影響出水效果，又會引來大批水鳥捕食，使刮泥設備和池面鳥類成災，給操作人員的清理工作帶來很大的麻煩。集中到浮渣池的浮撈出后，不得隨意堆置，應與柵渣、沉沙池的浮渣一并處理。
④刮泥機待修或長期停機時，應將池內污泥放空；刮泥機或池體結構需檢修改造，刮泥設備長時間停止運轉時，如沉淀池只放水，池內污泥不排除將造成池底污泥板結。當刮泥機再啟動時，阻力大，嚴重時甚至會損壞設備。
⑤采用泵房排泥工藝時，可按有關規定執行；
⑥當剩余活性污泥排入初次沉淀池時，在正常運轉情況下，應控制其回流比小于 2%。如果剩余活性污泥不進行單獨濃縮，而回流到初次沉淀池與生污泥產生絮凝沉淀，不僅使污泥濃縮性能好，沉淀效率高，而且還省去了濃縮池的基建費和運行管理費。