去除磷的方法有兩種，分別為借助藥劑和不借助藥劑。借助藥劑的方法是將鋁鹽或鐵鹽等金屬直接加入污水中或二級處理水中，令磷與金屬鹽發生反應而達到除磷的目的。混凝沉淀法是在過去通常使用的借助藥劑的方法。近些年又開發了一種除磷的晶析法，即接觸除磷法，此方法既能除去污水中的有機物以后能除去污水中的磷化合物。與借助藥劑的除磷方法相比，利用生物反應的方法除磷就減少了成本，被稱為生物除磷法。因此，去除磷的方法又可以分為生物學處理法與物理化學處理法。藥劑法對磷的去除率相對較高，但其缺點是由于應用了化學劑增加了成本，并且會產生大量的污泥。因此如今的生物除磷法和生物化學同時除磷的方法已經代替了從前單一的混凝沉淀除磷法。

  厭氧好氧法：在厭氧狀態下放出磷，在好氧狀態下攝取磷。優點是可利用原有的設備設施，無需添加劑。缺點：比物流化學法除磷的能力低，活性污染可蓄積的磷量有限，需要管理污泥量。

  Phostrip除磷法：組合了厭氧法、好氧法和化學除磷法的方法。優點：磷濃縮時添加少量石灰，可以經濟的除磷。除磷的能力教穩定。缺點：必須添加脫磷設備。

生物化學同時除磷法：在曝氣槽中添加混凝劑同時去除有機物和化合物的方法。優點：可利用原有的設備設施，除磷的能力教穩定。缺點：產生大量污泥，若原水磷濃度高就要提混凝劑的添加量，有影響生物相的危險性。

  混凝沉淀法：向污水或二級處理水中添加混凝劑，將磷化化合物沉淀除磷的方法。優點：除磷的能力高。缺點是：需要增添新的設備。產生的污泥量多。藥劑等陳本費高。

  晶析除磷法：利用磷酸離子、鈣離子及氫氧離子的反應，生成羥基磷灰石的晶析實現去除磷的方法。優點：產生的污泥量少。較混凝沉淀方法的成本低。除磷的能力教穩定。缺點：需要增添新的設備。需要設脫碳酸槽、砂濾過濾等事先處理。